Die Ars Electronica Linz GmbH ist ein Teil der Unternehmensgruppe der Stadt Linz. Gegründet wurde sie im Jahre 1995 anlässlich der Eröffnung des Museums der Zukunft. Die Ars Electronica Linz GmbH ist für die Organisation und Durchführung des Festival Ars Electronica und des Prix Ars Electronica verantwortlich sowie für die Betriebsführung des Museums der Zukunft und des Ars Electronica Futurelabs.

Subventionsgeber sind neben der Stadt Linz das Land Oberösterreich und die Republik Österreich. Die Leitung des Unternehmens liegt in den Händen eines künstlerischen und eines kaufmännischen Geschäftsführers.